تاریخ پنیر به عهد عتیق می‌رسد و این موضوع محقق است که کشف پنیر به دنبال اهلی کردن چهار پایان شیرده مثل بز، شتر یا گاومیش صورت گرفته است.در مناطقی بین آسیا و اروپا و همچنین در تبت و ایران شیر را هنوز هم مثل عهد قدیم تخمیر کرده و از آن ماست و پنیر درست می‌کنند. در قدیم انسان وقتی دوشیدن شیر را یاد گرفت و به حکم اتفاق انعقاد شیر را دید از آن چیزهای مختلفی ساخت که پنیر یکی از آنها است.

همچنین در برخی منابع آمده است، حدود 3500 سال پیش، مرد جهانگردی برای یک سفر طولانی در قاره‌ آسیا به راه افتاد. وی قمقمه‌ای داشت که از معده‌ گوسفند درست شده بود. آن را پر از شیر کرد و در بیابان گرمی به راه افتاد.شب هنگام که به منزلگاهی رسید، در قمقمه اش را باز کرد تا اندکی شیر بنوشد، با تعجب دید که شیر به ماده سفید رنگ و جامدی، تبدیل شده است. جهانگرد حیرت‌زده ندانست که این جسم سفید رنگ و سفت چیست؟

پنیر یکی از نخستین خوردنی‌هایی است که به دست بشر تهیه شده است و تقریباً در همه نقاط دنیا پنیر تولید می‌شود. تاکنون بیش از 400 نوع مختلف پنیر در جهان تهیه شده است.در شمالگان از شیر گوزن شمالی پنیر تهیه می شود. درمغولستان از شیر شتر، در تبت از غژ گاو و در کشورهای دیگر از شیر بوفالو، پنیر ساخته می شود.

پنیر یا نرم است و یا سفت. این بستگی به مقدار آبی دارد که در درون آن باقی مانده است. از هر ده کیلو شیر، فقط یک کیلو پنیر به دست می آید. هر پنیری به نام محلی خوانده می شود که شیوه خاص درست کردنش از همان جا پدید آمده است.

همچنین عنوان شده است، اولین مایه پنیر از شیره درخت انجیر به دست آمد و انسانهای قدیمی بعد از آن که برگهای درختان انجیر را در شیر می انداختند تا شیر ببندد آن را روی سنگ می ریختند و پس از این که سفت می شد، برای این که آب آن کاملا گرفته شود، سنگ دیگری روی آن می گذاشتند.

بعدها انسان یاد گرفت که از شکم حیوانات شیرخوار، مخصوصا خرگوشهای وحشی، مایه پنیر را به دست آورد و وقتی پنیر ساخته شد آن را در آفتاب خشک کند و نمک بزند و در لای برگ درختان بپیچد و آن را برای روزها و ماه‌های آینده مورد استفاده قرار دهد.

ساختن پنیر به صورت صنعتی در آغاز قرن بیستم شروع شد و آن زمانی بود که پاستور دانشمند معروف فرانسوی اکتشافات خود را درباره تخمیر شیر آغاز کرد.

از آن زمان بود که علم و دانش دست به کار شد تا پنیرهایی بسازد که از جهتی بهداشتی باشد و حداکثر بهره برداری از صنعت پنیر سازی به دست آید.

خواص غذایی پنیر هم از زمان‌های بسیار قدیم شناخته شده بود. چنانکه هرودوت، می‌نویسد که سربازان داریوش غذای ملی داشتند که عبارت بود از نان و پنیر با بولاغ اوتی یا شاهی آبی که در چشمه سارها می‌رویید و این سربازان با این غذا از قدرت و نیرومندی کاملی برخوردار بودند.

رومیان قدیم پنیر را در آخر غذا، آن هم با شراب مخصوصی می‌خوردند و عقیده داشتند که هضم غذا را آسان می‌کند.

بلانش دوناوار، زن هنری چهارم در مدارکی که درباره پنیر خود باقی گذاشته شده است تصریح می‌کند که در آن زمان دویست نوع مختلف پنیر در فرانسه ساخته می‌شد.

در سال 1922 شیرینی سازان فرانسه نان شیرینی مخصوصی از پنیر درست کردند به نام تارت پنیر.

تالیران، سیاست مدار معروف فرانسه پنیر را بهترین غذا می‌دانست. بریا ساوارن بزرگترین غذاشناس فرانسوی جمله معروفی درباره پنیر دارد که می‌گوید: یک دسر بدون پنیر زنی زیبا است که یک چشم دارد.

کلمه پنیر در فرانسه از کلمه لاتینی ظرف پنیر گرفته شده است که پنیر در آن ظرف شکل می‌گیرد و بوجود می‌آید. در یونان قدیم پنیر یکی از غذاهای مقوی بود و هومر در آثار خود از پنیر نیز صحبت می‌کند که وقتی ماگوئون از شانه راست مجروح شد نستور به او دستور داد که پنیر بز را برای شفا بیاورد.

تا قرن پنجم میلادی پنیر با نان کامل و انجیر غذای پهلوانان یونان بود و امروز هم پنیر اهمیت خود را حفظ کرده و از نظر مواد غذایی با گوشت رقابت می‌کند.