کلیسای سن استپانوس، یا کلیسای استفانوس مقدس دومین کلیسای مهم ارامنه ایران است که از نظر اهمیت بعد از قره‌کلیسا قرار می‌گیرد. کلیسای استپانوس مقدس درشش کیلومتری روستای دره شام به فاصله 15 کیلومتر درغرب شهر جلفا واقع در استان آذربایجان شرقی است. این کلیسا در کناره رودخانه ارس و در دامنه بلندیهایی به نام ماغارد بنا شده است که بهمین دلیل در منابع کتبی ارمنی به نام \" دیر ماغارد\" نیز ذکر شده است. استپانوس قدیس یک از اولین افرادی بود که به دین مسیح گرویده و بدست حواریون آن حضرت غسل تعمید یافت. او سپس در شهر اورشلیم به شهادت رسید. به روایتی در این دیر از وی یادگاری بجای مانده است. هر ساله ارامنه بسیاری از گوشه و کنار ایران به زیارت این مکان شتافته و در هفته زیارت قره کلیسا زائران بعد از انجام مراسم زیارت قبر تادئوس و قبل از مراجعت به زیارت این دیر نیز میروند. بنا به روایاتی، در قرن هفتم میلادی در همین مکان کلیسای دیگری بوده است که به دلایل نامعلومی تخریب شده است. آنوبانینی كليساي سنت استپانوس را که در دل درختان سر به فلک کشیده اطرافش با آب و هوایی بسیار دلپذیر در کناره ارس شاهکاری در هنر معماری است، یکی از بهترین پیشنهادات برای سفر تابستانی می داند. اخیرا كارشناسان سازمان ميراث فرهنگي بقاياي استخوان هايی را در ميان دو طاق كليسا شناسايي كرده اند. علاوه بر بقاياي استخواني چند تكه تخته مربوط به جعبه هاي نگهداري اين استخوان ها، چند تكه پارچه زرد و آجري، تكه هاي موم، گل اخرا و دانه هاي كندر نيز در اين محوطه شناسايي شده است.